SARS

Nature volume 592、pages 277–282 (2021)この記事を引用

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この記事に対する著者の訂正は 2022 年 7 月 21 日に公開されました

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重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2 (SARS-CoV-2) のスパイクタンパク質は、ヒト ACE2 タンパク質 1 の関与を介したウイルス感染にとって重要であり、主要な抗体標的です。 今回我々は、101日間にわたる23時点の全ゲノム超ディープ配列を生成し、配列決定によって明らかになった突然変異を特徴付けるための in vitro 技術。 最初の 57 日間、レムデシビルを 2 コース投与した後、ウイルス集団の全体的な構造にはほとんど変化がありませんでした。 しかし、回復期血漿療法後、S2 サブユニットの置換 (D796H) と S1 N-スパイクタンパク質の末端ドメイン。 受動的に移入された血清抗体が減少するにつれて、エスケープ遺伝子型を持つウイルスの頻度が減少し、その後、回復期血漿治療の失敗に終わった最後の過程で戻ってきました。 インビトロでは、ΔH69/ΔV70 と D796H の両方を持つスパイク二重変異体は、野生型ウイルスと同様の感染力レベルを維持しながら、回復期血漿に対する感受性を若干低下させました。スパイク置換変異体 D796H が、感染力低下の主な原因であると考えられます。中和抗体に対する感受性は高いが、この変異により感染力が欠損した。 スパイク欠失変異体ΔH69/ΔV70は、野生型SARS-CoV-2よりも2倍高い感染力レベルを有しており、おそらくD796H変異による感染力の低下を補っていると考えられる。 これらのデータは、回復期血漿療法中にSARS-CoV-2が強く選択されることを明らかにしており、これは免疫抑制された個人における中和抗体に対する感受性の低下の証拠を示すウイルス変異体の出現と関連している。

70代の男性は2020年の夏に三次病院に入院し、35日前に地元の病院で鼻咽頭ぬぐい液（1日目）で逆転写定量的PCR（RT-qPCR）を用いてSARS-CoV-2の検査で陽性反応を示していた。 (拡張データ図1、2)。 彼の過去の病歴には、2012 年に診断された辺縁 B 細胞リンパ腫が含まれており、これまでにビンクリスチン、プレドニゾロン、シクロホスファミド、リツキシマブによる抗 CD20 B 細胞除去などの化学療法を受けていました。 化学療法と基礎となるリンパ腫の両方が、B 細胞と T 細胞の複合免疫不全に寄与した可能性があります (拡張データ図 2、3、および補足表 1)。 胸部のコンピューター断層撮影法では、2019年コロナウイルス病（COVID-19）に関連した肺炎と一致する広範な異常が示されました（補足図1）。 治療には、5日間の間隔を空けたレムデシビルの10日間コースが2回行われました（拡張データ図1）。 2単位の回復期血漿を63日目と65日目に投与した(拡張データ図3)。 臨床症状の悪化後、95日目にレムデシビルと1単位の回復期血漿が投与されたが、患者は102日目に死亡した（補足）。

ほとんどのサンプルは、挿管期間中の鼻と喉、または気管内吸引物からの呼吸器サンプルでした（補足表3）。 周期閾値 (Ct) 値の範囲は 16 ～ 34 で、23 個の呼吸器サンプルすべてが、The COVID-19 Genomics UK (COG-UK; https://www) によって実装された ARTIC プロトコルに従って、標準的な単一分子シーケンス アプローチによって正常にシーケンスされました。 .cogconsortium.uk/) コンソーシアム; これらのサンプルのうち、20 サンプルはさらに、Illumina プラットフォームを使用してショートリードディープシーケンスを受けました (補足表 4)。 2 つの方法の間には一般的な一致がありました (拡張データ図 4)。 ただし、低周波変種に対するイルミナの信頼性が高いため、これは正式な分析に使用されました 2,3。 さらに、呼吸器サンプルから抽出された RNA を使用した単一ゲノム増幅とスパイクの配列決定が、観察された変異を検出するための独立した方法として使用されました (拡張データ図 4)。 最後に、2 つの独立した方法に基づいて、組換えの証拠は検出されませんでした (データは示されていません)。